O dano lisossômico leva à remodelação do proteoma mitocondrial e reprograma o imunometabolismo dos macrófagos

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Oct 27, 2023

O dano lisossômico leva à remodelação do proteoma mitocondrial e reprograma o imunometabolismo dos macrófagos

Volume de comunicações da natureza

Nature Communications volume 13, Número do artigo: 7338 (2022) Citar este artigo

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Danos lisossômicos transitórios após infecção com patógenos citosólicos ou absorção de cristais de sílica resultam em vazamento de protease. Não se sabe se o vazamento limitado do conteúdo lisossômico para o citosol afeta a função das organelas citoplasmáticas. Aqui, mostramos que o dano lisossômico estéril e não estéril desencadeia uma remodelação proteolítica independente da morte celular do proteoma mitocondrial em macrófagos. A reprogramação metabólica mitocondrial exigiu o extravasamento de catepsinas lisossômicas e foi independente da mitofagia, mitoproteases e degradação do proteassoma. Em um modelo de camundongo in vivo de dano à endomembrana, macrófagos pulmonares vivos que internalizaram cristais exibiram função mitocondrial prejudicada. O sequenciamento de RNA de célula única revelou que o dano lisossômico distorceu as respostas metabólicas e imunes em subconjuntos de macrófagos alveolares com conteúdo lisossômico aumentado. Funcionalmente, a modulação medicamentosa do metabolismo dos macrófagos impactou as respostas do hospedeiro à infecção por Mycobacterium tuberculosis de uma forma dependente do dano da endomembrana. Este trabalho revela uma via de comunicação entre organelas, fornecendo um mecanismo geral pelo qual os macrófagos sofrem reprogramação metabólica mitocondrial após danos na endomembrana.

A permeabilização e ruptura dos lisossomos após o estresse é um processo biológico relevante para a imunidade, neurodegeneração e câncer. Para lidar com os efeitos prejudiciais do dano lisossômico, as células possuem mecanismos para degradar ou reparar endomembranas danificadas1,2. Se não forem controlados, os danos lisossômicos e o vazamento de proteases no citosol desencadearão a inflamação e, por fim, a morte celular3,4. No entanto, há evidências convincentes de que o dano da endomembrana5 ou alguns estados inflamatórios contínuos6 nem sempre resultam em morte celular e funções celulares importantes são realmente reguladas por danos lisossômicos limitados, como apresentação de antígenos ou remodelamento da cromatina7,8,9. A existência de múltiplos mecanismos de reparo da endomembrana sugere que ocorre vazamento citosólico transitório do conteúdo luminal, mas o dano é eficientemente resolvido com o retorno das células à homeostase. No entanto, não se sabe se esse vazamento transitório do conteúdo lisossômico afetará a função das organelas próximas ao dano da endomembrana em condições homeostáticas. Nesse contexto, se existem vias independentes da morte celular pelas quais a ruptura dos lisossomos regula a função da organela é pouco compreendida.

A reprogramação metabólica mitocondrial é crítica para a função imunológica das células mielocíticas10. Embora muitos estudos tenham destacado interações funcionais entre mitocôndrias e lisossomos em células não mielocíticas, pouco se sabe sobre os mecanismos pelos quais as interações mitocondriais com lisossomos regulam as atividades imunometabólicas dos macrófagos. Isso é importante quando consideramos que a composição lisossômica é diferente nas células da linhagem mielocítica11.

As mitocôndrias se comunicam por tráfego mediado por vesículas e contato com outras organelas para regular o metabolismo celular e a homeostase. Em particular, o crosstalk entre endolisossomos e mitocôndrias é central para sua função metabólica12,13. Além da degradação seletiva mediada por ubiquitina de proteínas mitocondriais pelo proteassoma, as vias de degradação endolisossomal contribuem para preservar a integridade mitocondrial14,15,16. Após o estresse oxidativo mitocondrial localizado, o brotamento de vesículas derivadas de mitocondrial (MDV) fornece conteúdo mitocondrial específico para endolisossomos para degradação17. Quando o dano mitocondrial é extenso, as mitocôndrias são removidas por mitofagia e direcionadas aos lisossomos14,15,16,18. Não se sabe se essa conversa cruzada contínua entre lisossomos e mitocôndrias é afetada durante o dano lisossômico.

 1.5 and an adjusted p-value ≤ 0.05. The two most upregulated proteins in the OMM, IMM and matrix (Supplementary Data 1) are shown as illustrative example. Heat maps show the mitochondrial localization of the proteins that were significantly increased in the indicated comparison and ETC proteins significantly decreased after LLOMe treatment are shown (dashed box). Annotations were obtained from MitoCarta3.0. c Significantly regulated proteins from the indicated conditions (Supplementary Table 1) were used for Gene Ontology (GO) cellular component enrichment analysis using the Gene Functional Annotation Tool available at the DAVID v6.7 website (https://david.ncifcrf.gov/). A maximum p-value of 0.05 (Benjamini) was chosen to select only significantly enriched GO cellular components. d Volcano plot and mitochondrial protein localization as in (a) in the presence or absence of protease inhibitors (PI). The ETC proteins from (a) significantly decreased in the presence of the PI are shown (dashed box). See also Supplementary Table 2. e Bar graph showing GO cellular component enrichment analysis from the indicated conditions as in (c). f Volcano plot and mitochondrial protein localization as in (a) in the presence or absence of the proteasome inhibitor Bortezomib (BTZ). g Volcano plot and mitochondrial protein localization as in (a) comparing LLOMe-treated iPSDM in the presence or absence of PI. n = 3 independent experiments. Source data are provided in Supplementary Data 1./p>3/p>3/p>0.1 μm and the circularity restricted to values between 0.4 and 1./p>20 s. The percentage of lysosomes in contact was quantified as the percentage of vesicles that formed contacts with mitochondria divided by the total number of vesicles in the region of interest. For lysosomal size discrimination, at least nine different events were manually tracked per cell and condition. Mitochondrial and lysosomal segmentation was done using automatic image thresholding (Otsu's method) in FIJI. At least 5 cells were imaged per condition and experiment, with a total of three independent experiments./p>